La Reserva del Hombre y la Biosfera del Río Plátano cuenta con un plan de manejo vigente para el período 2013-2025, compuesto por ocho programas: manejo de recursos naturales, administración, educación ambiental, desarrollo comunitario, monitoreo e investigación, protección, uso público y ordenamiento territorial. Este plan, junto con planes operativos bianuales, sirve como guía para instituciones, organizaciones no gubernamentales, proyectos, cooperantes, comunidades y grupos organizados que trabajan en la reserva o su zona de influencia. Las actividades a desarrollar mediante los Fondos de Áreas Protegidas y Vida Silvestre están alineadas principalmente con los programas de administración, protección y educación ambiental. Estos programas tienen como objetivos fortalecer la coordinación institucional, promover la educación para la conservación, y reducir el uso irracional de los recursos naturales, preservando también los rasgos culturales del área. Además, se plantea mejorar la infraestructura, la plantilla de personal y las capacidades financieras necesarias para asegurar el funcionamiento y protección de esta área protegida.